Создание коллекции биологических изображений в МГУ им. М.В. Ломоносова

Биологический факультет МГУ им. М.В. Ломоносова уже более 80 лет является крупнейшим учебно-научным центром подготовки биологов широкого профиля. Огромное значение в исследовательской деятельности и обучении на факультете имеет работа студентов и сотрудников вуза в особом подразделении кафедры геоботаники факультета — Гербарии им. Д.П. Сырейщикова. Здесь хранятся ценнейшие научные коллекции определенным образом засушенных растений из различных регионов Земного шара.

Гербарий им. Д.П. Сырейщикова был создан в 1765 году и является вторым по величине гербарным фондом России. Его объем составляет около 1 млн образцов. В гербарии собраны важнейшие коллекции по флоре средней полосы и других территорий России, Кавказа, Средней Азии, Казахстана, Монголии, а также по мохообразным России; важные именные коллекции — Г. Ф. Гофмана, Ф. Эрхарта, К. Триниуса, отца и сына Форстеров.

В 2015 году в Московском государственном университете начались работы по созданию информационно-аналитической системы Депозитария биоматериала биоресурсного центра МГУ. Система должна стать единой точкой хранения и доступа к информации о наличии материала в коллекциях и биобанках.

Задача

Для наполнения Депозитария оцифрованными фондами уникальных коллекций, являющихся, в том числе национальным достоянием, и создания единого каталога, был реализован проект оцифровки Гербария им. Д. П. Сырейщикова биологического факультета МГУ.

«Оцифровка естественнонаучных коллекций — это мировая практика. Перевод гербарных фондов в электронный вид позволит открыть их широкому кругу исследователей, сделать наши образцы более доступными и востребованными со стороны коллег из других научных институтов. Электронная коллекция Гербария им. Д. П. Сырейщикова будет представлена в одном из разделов разрабатываемого в настоящее время сайта Депозитария живых систем МГУ», — говорит Алексей Серегин, д.б.н., ведущий научный сотрудник Гербария им. Д. П. Сырейщикова биологического факультета МГУ.

Перевод гербарных образцов в электронный вид осуществлялся специалистами корпорации ЭЛАР.

Проект

Особенности объектов, подлежащих оцифровке, потребовали от исполнителя соблюдения особых условий и организации технологических процессов, которые дадут высокое качество электронных образов при детализации изображений и обеспечивают безопасность образцам.

Перед началом сканирования гербарные листы вынимались из обложек (внутри одной бумажной обложки может находиться от 1 до 30 гербарных листов). Затем на каждый лист наносился штрихкод. После сканирования документы помещались обратно в обложки. Специалисты ЭЛАР перед сканированием упаковывали образцы в технологические пакеты для гарантии целостности листов. Кроме того, участок сканирования на территории биологического факультета был оборудован стеллажами для хранения и зонирования образцов.

Для сканирования было принято решение использовать промышленное оборудование планетарного типа марки «ЭЛАР ПланСкан» как полностью отвечающее требованиям к оцифровке биологического материала.

• Бесконтактный способ сканирования «сверху вниз», отсутствие ультрафиолетового и инфракрасного излучений — гарантия сохранности объектов.
• Высокая производительность: за смену один оператор на сканере оцифровывал 1000 листов. В неделю сканировалось около 35 тысяч листов.
• Качество электронных образов — критичный критерий для оборудования на проекте в МГУ им. М.В. Ломоносова. Так как при проведении биологических исследований необходимо точно идентифицировать объект изучения. Оцифровка на «ЭЛАР ПланСкан» даже при разрешении в 300 DPI позволяет получить необходимый результат.

При сканировании графические образы были поименованы по номерам штрихкодов, наклеенных на гербарные листы. Из массива обработанных образов TIFF-формата сделана также облегченная пользовательская версия массива в формате JPEG с разрешением 300 DPI.

Сотрудниками кафедры геоботаники биологического факультета произведен ввод данных, содержащихся на гербарном образце для быстрого поиска нужного изображения и описательной информации к нему. В случае если на этикетке образца содержался неразборчивый текст, или часть этикетки была закрыта растением, специалисты делали пометку для проверки правильности заполнения данных с помощью обращения к физическому экземпляру гербарного образца.

Результаты проекта

• Создано 502 тысяч высококачественных электронных копий гербарных образцов, что позволит
  • Специалистам более детально изучать гербарий в удаленном режиме
  • Сформировать общедоступные коллекции для студентов-ботаников и широкой общественности
  • Создать страховой фонд гербарного материала и справочно-цифровую библиотеку
• По итогам штрихкодирования и сканирования удалось уточнить объемы фондов: в Гербарии им. Д.П. Сырейщикова оказалось на 14 783 образца больше, чем считалось ранее.